Penyebab paling sering adalah overwatering atau media tanam yang terlalu lembab. Anggrek epifit seperti Phalaenopsis dan Dendrobium membutuhkan siklus basah-kering. Pada musim hujan, penyiraman harus dikurangi; cukup siram 1-2 kali seminggu, pastikan media benar-benar kering sebelum disiram lagi. Gunakan pot dengan lubang drainase yang cukup dan media seperti arang, pakis, atau kulit kayu yang porous.
Penyebab lain adalah infeksi jamur atau bakteri, seperti Fusarium atau Erwinia. Ciri khasnya: akar berwarna coklat gelap dengan bau busuk, dan terkadang muncul bercak pada daun. Jamur sering muncul karena sirkulasi udara buruk. Solusinya: potong semua akar busuk dengan gunting steril, oleskan fungisida alami seperti bubuk kayu manis pada luka, lalu tanam ulang di media baru yang kering. Tempatkan di area teduh dengan sirkulasi udara baik.
Untuk pencegahan, pastikan pot tidak tergenang air. Saat musim hujan, bawa anggrek ke tempat yang terlindung dari hujan langsung. Periksa akar secara rutin setiap 2 minggu. Jika akar busuk sudah parah, segera lakukan repotting. Jangan gunakan pupuk nitrogen tinggi saat musim hujan karena dapat memperparah busuk. Gunakan pupuk dengan rasio P dan K lebih tinggi untuk memperkuat akar.