Penyebab utama busuk akar adalah overwatering (penyiraman berlebihan) karena media tanam tidak porous. Pada musim hujan, air hujan menambah kelembapan, mempercepat pembusukan. Jamur patogen seperti Phytophthora, Pythium, dan Rhizoctonia menyerang akar yang tergenang. Ciri khas: bau tanah asam atau busuk, muncul miselium putih di permukaan media, dan akar mudah putus saat disentuh.
Langkah pertama: hentikan penyiraman segera. Bongkar bonsai dari pot, bersihkan akar dari media lama. Potong semua akar yang busuk dengan gunting steril hingga ke jaringan sehat (krem/putih). Rendam akar dalam larutan fungisida berbahan aktif mancozeb atau karbendazim sesuai label (konsultasi dengan BPP setempat). Ganti media tanam baru yang porous (campuran pasir malang, sekam bakar, dan pupuk kandang dengan perbandingan 1:1:1). Tanam kembali, siram sedikit, dan tempatkan di tempat teduh selama 1–2 minggu.
Pencegahan: gunakan pot berlubang drainase baik, siram hanya saat media kering (cek dengan jari sedalam 2 cm). Saat musim hujan, lindungi bonsai dari hujan langsung dengan atap transparan atau pindahkan ke tempat teduh. Aplikasi fungisida sistemik secara preventif setiap 2 minggu sekali saat musim hujan dapat membantu, namun ikuti petunjuk label. Pastikan sirkulasi udara baik dan jangan letakkan bonsai terlalu rapat.