Penyebab utamanya adalah jamur Phytophthora dan Rhizoctonia yang berkembang di tanah tergenang. Ciri khas: akar berwarna cokelat kehitaman, lembek, dan mudah putus. Batang bawah dekat permukaan tanah juga bisa berwarna gelap. Pada bougenville pot, air menggenang di dasar pot memperparah kondisi.
Untuk mengatasi, kurangi frekuensi penyiraman menjadi 2-3 hari sekali atau saat media benar-benar kering. Perbaiki drainase dengan mencampur sekam bakar atau pasir malang ke media tanam perbandingan 2:1:1 (tanah:sekam:pasir). Angkat tanaman, potong akar busuk dengan gunting steril, lalu rendam akar sehat dalam larutan fungisida berbahan aktif mankozeb atau tembaga sesuai label (konsultasi BPP).
Setelah perawatan, jemur tanaman di tempat teduh selama 1-2 jam sebelum ditanam kembali di pot baru dengan media baru. Jangan menyiram selama 3-4 hari. Pastikan pot berlubang drainase cukup. Jika hujan terus, pindahkan ke tempat terlindung. Pantau tunas baru sebagai tanda pemulihan.