Penyebab utama busuk akar pada kamboja adalah infeksi jamur patogen tular tanah, terutama dari genus Phytophthora, Pythium, dan Rhizoctonia. Jamur ini menyerang ketika drainase buruk, tanah terlalu lembap, atau media tanam terlalu padat. Gejala awal biasanya daun menguning dan layu, diikuti batang lembek dan berbau tidak sedap. Pada tahap lanjut, akar berwarna coklat kehitaman dan mudah putus.
Untuk mengatasi busuk akar, langkah pertama adalah mengurangi frekuensi penyiraman. Saat musim hujan, siram hanya jika tanah benar-benar kering, sekitar 1-2 minggu sekali tergantung lokasi. Perbaiki drainase dengan menambahkan pasir atau sekam bakar pada media tanam. Jika tanaman sudah terlanjur terserang, segera ganti media tanam dengan yang baru dan steril. Potong bagian akar yang busuk dengan pisau steril, lalu olesi luka dengan fungisida alami seperti bubuk kayu manis.
Pencegahan lebih baik daripada mengobati. Tanam kamboja di pot berlubang banyak atau di tanah yang tidak becek. Campurkan media tanam dengan perbandingan 2:1:1 untuk tanah, pasir, dan kompos. Hindari mulsa organik tebal di sekitar pangkal batang. Jika hujan terus-menerus, pindahkan pot ke tempat teduh atau buat naungan plastik transparan. Jangan lupa untuk memeriksa akar setiap 3-4 bulan sekali.