Gejala awal busuk akar sering kali mengecoh karena mirip dengan kekurangan unsur hara atau kekeringan, padahal tanah di sekitar tanaman justru sangat basah. Daun srikaya mulai menguning dari bagian bawah, layu pada siang hari meskipun tanah basah, dan rontok sebelum waktunya. Pertumbuhan tunas baru terhenti total, ranting-ranting ujung mulai mengalami kematian dari atas ke bawah, dan jika pangkal batang dikupas, bagian dalam kulitnya menunjukkan warna kecoklatan atau kehitaman dengan bau busuk yang khas.
Untuk mendiagnosis secara akurat, lakukan pengecekan fisik pada perakaran utama dengan cara menggali secara hati-hati di sekitar pangkal batang sedalam 15 hingga 30 sentimeter. Akar yang sehat memiliki warna keputihan di bagian dalam dan bertekstur keras, sedangkan akar yang terserang busuk akar akan berwarna coklat gelap atau hitam, terasa lunak, basah, dan kulitnya mudah mengelupas dari kayu pusatnya. Pemeriksaan ini harus dilakukan segera setelah terlihat tanda layu pada kanopi daun untuk mencegah penyebaran yang lebih luas ke tanaman tetangga.
Penanganan busuk akar memerlukan tindakan terpadu yang berfokus pada perbaikan drainase lahan dan pemulihan kesehatan tanah secara alami. Pembuatan saluran air keliling di sekitar tajuk tanaman wajib dilakukan untuk mencegah limpasan air hujan menggenangi pangkal batang srikaya. Pemangkasan sebagian tajuk juga diperlukan untuk mengurangi penguapan dan beban kerja akar yang rusak, diikuti dengan aplikasi bahan pembenah tanah organik matang untuk mengembalikan populasi mikroorganisme baik penekan patogen.