Gejala awal pembusukan akar sering kali terabaikan karena terjadi di dalam tanah, namun tanda di atas permukaan tanah terlihat dari daun srikaya yang menguning secara merata lalu mengering tanpa gugur seketika. Pada tingkat serangan sedang, tanaman akan tampak layu di siang hari yang terik meskipun tanah dalam kondisi basah kuyup. Jika pangkal batang digali sedalam 10 hingga 15 cm, akar halus dan akar tunggang akan berwarna cokelat kehitaman, berbau busuk, serta mudah terkelupas saat dipegang.
Penanganan pembusukan akar harus dilakukan segera setelah gejala layu permanen terlihat pada 20 hingga 30 persen bagian kanopi tanaman. Langkah awal meliputi pembuatan parit drainase sedalam 40 cm di sekeliling piringan pohon untuk mengalirkan kelebihan air hujan dengan cepat. Selain itu, pangkas 30 hingga 50 persen cabang dan daun untuk mengurangi beban penguapan air saat sistem perakaran sedang mengalami pemulihan atau pemotongan bagian yang membusuk.
Sebagai langkah pencegahan jangka panjang, petani srikaya perlu mengaplikasikan bahan organik matang seperti kompos sebanyak 10 hingga 15 kg per pohon yang diperkaya mikroorganisme antagonis menjelang awal musim hujan di bulan Oktober. Pengaturan gulma di sekitar piringan pohon sejauh 1 meter dari pangkal batang juga penting agar kelembapan udara di area perakaran tidak terlalu tinggi, yang dapat memicu perkembangan spora jamur parasit.
