Gejala awal busuk akar jeruk sering kali tidak disadari karena terjadi di bawah permukaan tanah, tetapi tanda fisik pada tajuk akan terlihat dalam rentang 7 hingga 14 hari setelah infeksi. Daun jeruk mulai menguning secara merata, layu di siang hari meski tanah basah, dan gugur secara massal hingga menyebabkan percabangan meranggas. Jika dibiarkan tanpa tindakan korektif, produktivitas buah jeruk dapat merosot hingga 80 persen bahkan mengakibatkan kematian pohon secara total.
Penanganan efektif membutuhkan pendekatan secara mekanis dan biologis, dimulai dengan pembuatan saluran drainase pembuang air berkedalaman minimal 50 cm di antara barisan tanaman. Petani disarankan untuk memangkas cabang yang meranggas sebanyak 20 hingga 30 persen guna mengurangi beban penguapan pada pohon yang sedang stres. Selain itu, piringan pohon sejauh radius 1 meter dari batang utama harus dibersihkan dari gulma dan mulsa basah agar sirkulasi udara di area pangkal batang tetap terjaga.
Pengaplikasian bahan hayati seperti agen hayati Trichoderma sp. sebanyak 100 hingga 200 gram per pohon yang dicampur dengan pupuk kandang matang seberat 5 kg dapat diberikan pada awal dan akhir musim hujan. Langkah pencegahan ini sangat penting untuk menekan populasi jamur patogen di dalam tanah secara berkelanjutan. Jika serangan berlanjut, pemanfaatan bahan pembasmi jamur sistemik sesuai anjuran petugas lapangan dapat dipertimbangkan tanpa memicu resistensi patogen.
