Penyebab utama yang paling sering dijumpai adalah cendawan Phytophthora palmivora yang menyerang perakaran halus hingga pangkal batang. Genangan air setinggi 5 cm saja yang bertahan lebih dari 24 jam di sekitar piringan pohon dapat menurunkan kadar oksigen tanah secara drastis. Hal ini memicu kerusakan sel-sel akar halus durian, sehingga akar tidak mampu menyerap hara tanah secara optimal dan akhirnya membusuk.
Penanganan awal membutuhkan pembenahan teknis fisik pada area perakaran. Buatlah saluran drainase mengelilingi tajuk pohon dengan kedalaman minimal 50 hingga 60 cm dan lebar 40 cm untuk mengalirkan kelebihan air hujan secara cepat. Selain itu, pangkas cabang-cabang bawah hingga ketinggian 1 meter dari permukaan tanah agar sirkulasi udara dan intensitas cahaya matahari dapat masuk menembus area piringan.
Untuk tindakan pemulihan hayati, aplikasikan agen hayati Trichoderma harzianum sebanyak 100 hingga 200 gram yang dicampur dengan 10 kg pupuk kandang matang per pohon, berikan setiap 2 bulan sekali di musim hujan. Jika kerusakan akar sudah mencapai pangkal batang, kerok bagian kulit yang membusuk hingga tampak jaringan sehat yang berwarna putih kemerahan, lalu oleskan bubur bordo atau penutup luka kayu.
