Gejala awal busuk akar sering kali menyerupai gejala kekurangan unsur hara atau kekeringan, padahal tanah di sekitar tanaman sangat basah. Daun rambutan mulai menguning, layu pada siang hari, dan gugur sebelum waktunya meskipun tanah tidak kekurangan air. Jika kita membongkar area sekitar perakaran, akar yang terinfeksi akan tampak berwarna cokelat gelap hingga hitam, terasa lembek saat dipegang, dan kulit akar mudah terkelupas dari kayu bagian tengahnya.
Untuk mengatasi masalah ini secara efektif, langkah pertama yang wajib dilakukan adalah memperbaiki sistem drainase di sekitar tajuk pohon rambutan. Buatlah parit pembuangan air melingkar di luar batas kanopi pohon sedalam 30 hingga 50 sentimeter untuk mencegah air hujan menggenang di piringan tanaman. Selain itu, kurangi kelembapan tanah yang berlebih dengan cara menaburkan kapur pertanian atau dolomit di sekitar perakaran untuk menaikkan pH tanah dan menekan laju perkembangan jamur patogen.
Sebagai langkah pemulihan jangka panjang, lakukan pemangkasan ringan pada cabang-cabang bagian atas untuk mengurangi beban transpirasi pohon yang akarnya sedang rusak. Hindari pemberian pupuk kimia bernitrogen tinggi selama masa pemulihan karena dapat merangsang pertumbuhan tunas muda yang tidak seimbang dengan kapasitas akar yang tersisa. Berikan pupuk organik matang yang kaya akan mikroorganisme pelindung untuk membantu meregenerasi sistem perakaran rambutan secara alami menjelang musim kemarau berikutnya.