Penyakit embun tepung dan antraknosa merupakan ancaman utama pada fase pembungaan serta pembentukan buah rambutan. Embun tepung melapisi permukaan bunga dan buah muda dengan lapisan putih menyerupai bedak, sementara antraknosa menyebabkan bercak hitam merangsang pembusukan. Jika tidak ditangani dalam kurun waktu 14 hari sejak gejala awal muncul, serangan kedua penyakit ini dapat mengakibatkan kerontokan bunga dan buah muda hingga mencapai 70 persen dari total potensi panen.
Selain menyerang organ reproduktif, patogen seperti jamur upas dan ganggang karat merah sering menyerang batang utama serta daun tua. Jamur upas ditandai dengan hadirnya benang-benang miselium berwarna merah jambu pada cabang yang menyebabkan kulit kayu pecah dan ranting mati meranggas. Sementara itu, ganggang karat merah membentuk bercak kekuningan hingga cokelat kemerahan di permukaan atas daun yang menurunkan efisiensi fotosintesis tanaman hingga 40 persen.
Pengendalian penyakit rambutan memerlukan kombinasi antara sanitasi kebun dan manajemen kanopi yang tepat. Petani disarankan melakukan pemangkasan pemeliharaan untuk membuka penetrasi sinar matahari hingga 75 persen ke bagian dalam kanopi. Pemberian pupuk berkadar Kalium tinggi sebanyak 1 sampai 2 kilogram per pohon menjelang pembuahan, serta pembersihan serasah di bawah kanopi seminggu sekali, sangat efektif menekan spora jamur sebelum berkembang biak secara meluas.
