Memasuki umur dua hingga tiga tahun menjelang masa generatif, porsi unsur fosfor dan kalium harus ditingkatkan secara bertahap guna merangsang pembentukan bakal bunga serta mencegah kerontokan pentil buah. Berikan pupuk organik matang sebanyak 15 hingga 20 kilogram per pohon setiap enam bulan sekali pada awal musim hujan agar struktur tanah tetap gembur dan kaya mikroorganisme.
Aplikasi pupuk anorganik majemuk dilakukan dengan cara membuat parit melingkar di bawah proyeksi tajuk pohon dengan kedalaman 15 sentimeter, lalu ditimbun kembali agar pupuk tidak menguap tersengat matahari tropis. Frekuensi pemupukan anorganik dilakukan sebanyak tiga hingga empat kali dalam setahun, terutama pada awal dan menjelang akhir musim penghujan saat ketersediaan air tanah mencukupi.
Pemberian pupuk susulan kaya kalium sangat krusial saat fase pembesaran buah yang berlangsung sekitar tiga sampai empat bulan setelah penyerbukan bunga. Pastikan penyiraman dilakukan secara teratur dua kali seminggu jika pemupukan dilakukan pada musim kemarau panjang untuk menghindari stres kekeringan yang dapat menyebabkan buah nangka pecah sebelum matang.