Lalat buah dan penggerek buah merupakan dua ancaman paling merusak pada tanaman nangka. Penggerek buah bertelur pada permukaan kulit buah muda berukuran 5 hingga 10 cm, sedangkan lalat buah menyuntikkan telur ke dalam daging buah yang mulai matang. Lakukan pemeriksaan rutin setidaknya 2 kali seminggu pada area dompolan buah untuk mendeteksi kotoran cokelat kehitaman atau lubang jarum halus yang menjadi tanda awal pemicu kebusukan.
Pengendalian hama penggerek batang membutuhkan perhatian khusus karena larva menggerek lapisan kambium di dalam kayu. Batang pohon nangka yang terserang akan mengeluarkan gumpalan lendir atau serbuk kayu halus setinggi 30 hingga 150 cm dari permukaan tanah. Tindakan pemangkasan pemeliharaan cabang aerial setiap 4 bulan sekali sangat disarankan untuk menjaga sirkulasi udara dan intensitas cahaya matahari tetap optimal di atas 70%.
Strategi fisik seperti pembrongsongan atau pembungkusan buah menggunakan kantong semen berlapisan plastik berpori sejak buah berukuran sebesar telur ayam menjadi metode paling efektif di wilayah Indonesia. Lakukan sanitasi kebun dengan mengumpulkan dan membakar atau membenamkan buah gugur ke dalam tanah sedalam 50 cm seminggu sekali untuk memutus siklus hidup hama nangka secara berkelanjutan.
