Penyebab pertama yang paling sering ditemukan di lapangan adalah infeksi jamur patogen tular tanah yang menyerang sistem perakaran sekunder tanaman nangka. Spora jamur ini bertahan lama di dalam tanah dan mulai aktif menyerang ketika kondisi lahan terlalu kering atau justru mengalami genangan sesaat sebelum kemarau. Infeksi ini merusak jaringan pembuluh kayu atau xilem, sehingga aliran air dan unsur hara dari akar ke tajuk daun terhenti total.
Selain faktor jamur, serangan hama penggerek batang juga menjadi pemicu penting yang sering diabaikan oleh para pekebun rumahan maupun petani konvensional. Larva serangga penggerek melubangi batang utama dan merusak jaringan kambium serta pembuluh angkut, yang dampaknya menyerupai gejala kekurangan air. Daun nangka akan mulai menguning, terkulai, menggulung, dan akhirnya rontok dalam waktu beberapa minggu saja jika tidak segera ditangani.
Untuk memulihkan kondisi pohon nangka yang terserang gejala layu, pekebun harus melakukan sanitasi kebun secara rutin dan memperbaiki sistem drainase serta manajemen pengairan. Pemberian pupuk organik matang secara berkala di sekitar perakaran sangat dianjurkan untuk meningkatkan populasi mikroorganisme baik yang menekan patogen perusak. Pastikan selalu membaca label pada kemasan pengendali hayati atau kimiawi, serta berkonsultasilah dengan petugas penyuluh pertanian lapangan di BPP setempat.