Saat tanaman memasuki fase generatif atau siap berbuah pada umur tiga hingga empat tahun, jenis pupuk cempedak perlu dialihkan ke unsur hara fosfat dan kalium yang lebih tinggi. Berikan pupuk bertipe NPK dengan kandungan kalium tinggi sebanyak 250 hingga 500 gram per pohon, yang diaplikasikan dua kali dalam setahun. Waktu terbaik pemberian dilakukan saat menjelang akhir musim kemarau untuk memicu pembentukan kuncup bunga serta pada awal musim hujan saat bakal buah mulai terbentuk.
Aplikasi pupuk organik padat secara rutin sebanyak 20 hingga 30 kilogram per pohon dewasa dilakukan dengan cara melingkari tajuk luar pohon. Buat parit melingkar sedalam 15 hingga 20 centimeter di bawah tajuk, masukkan pupuk organik dan pupuk anorganik, lalu tutup kembali dengan tanah tipis. Pola pembuatan parit penutupan ini mencegah penguapan unsur nitrogen dan menjaga kelembaban mikroba tanah tropis.
Untuk meningkatkan kehalusan tekstur daging buah serta kadar gula alami cempedak, berikan pupuk mikro yang mengandung magnesium dan kalsium sebanyak 50 hingga 100 gram per pohon pada fase pembesaran buah. Pengapuran dengan dolomit sebanyak 1 hingga 2 kilogram per pohon juga perlu dilakukan setiap satu tahun sekali jika tingkat keasaman tanah berada di bawah pH 5,5, terutama setelah intensitas hujan tinggi berlalu.