Gejala awal busuk akar sering kali mengecoh pekebun karena menyerupai kekurangan unsur hara, di mana daun nangka mulai menguning, layu pada siang hari, dan rontok sebelum waktunya. Ketika kondisi ini dibiarkan, bagian pangkal batang akan menunjukkan gejala basah, mengeluarkan bau busuk, dan jaringan kulit kayu di sekitar leher akar menjadi lunak serta mudah mengelupas.
Untuk mengatasi masalah ini secara efektif, langkah pertama yang harus dilakukan adalah melakukan perbaikan drainase sekitar perakaran dengan membuat saluran air atau parit keliling untuk membuang genangan. Selain itu, pangkas sebagian tajuk pohon untuk mengurangi penguapan dan beban tanaman, serta kurangi pemberian pupuk nitrogen tinggi yang dapat memperparah kepekaan jaringan tanaman terhadap penyakit.
Pencegahan jangka panjang harus menjadi fokus utama pekebun nangka di Indonesia dengan cara memastikan pemilihan lokasi tanam yang memiliki struktur tanah gembur dan tidak mudah padat. Penggunaan bahan pembenah tanah organik secara rutin setiap enam bulan sekali juga sangat membantu meningkatkan populasi mikroorganisme baik yang menekan perkembangan jamur patogen di dalam tanah.