Penyakit yang umum menyerang nangka antara lain: busuk buah (Rhizopus dan Phytophthora), bercak daun (Collectotrichum), dan kanker batang (Lasiodiplodia). Gejala busuk buah berupa bercak coklat kehitaman yang melunak dan berbau asam. Bercak daun tampak sebagai bercak coklat tidak beraturan. Kanker batang menyebabkan kulit batang mengelupas dan mengeluarkan getah.
Untuk mengendalikan penyakit, lakukan sanitasi kebun dengan membersihkan buah dan daun yang jatuh. Pangkas cabang yang sakit dan beri jarak tanam yang cukup untuk sirkulasi udara. Gunakan fungisida berbahan aktif tembaga atau mankozeb sesuai dosis pada label. Konsultasikan dengan penyuluh pertanian setempat untuk rekomendasi spesifik.
Pencegahan adalah langkah terbaik. Pilih bibit yang sehat dan tahan penyakit. Hindari luka pada buah dan batang saat panen. Di musim hujan, kurangi penyiraman dan perbaiki drainase. Pantau kebun secara rutin, terutama setelah hujan deras. Jika serangan parah, segera laporkan ke BPP terdekat.