Penyebab biologis utama layu yang sering menyerang pertanaman jeruk di Indonesia adalah infeksi busuk akar akibat jamur Phytophthora serta penyakit layu fusarium. Jamur Phytophthora berkembang pesat jika drainase tanah buruk pada akhir musim hujan dan gejalanya memuncak ketika tanah mengering di musim kemarau. Kerusakan akar akibat jamur ini membuat tanaman tidak mampu menyerap air, sehingga dalam waktu 7 hingga 14 hari seluruh tajuk tanaman tampak layu mendadak meskipun tanah di sekitarnya masih terasa lembap.
Hama penggerek batang juga menjadi pemicu utama gejala jeruk layu yang sering terlambat disadari oleh para petani. Larva penggerek membuat saluran di dalam jaringan pembuluh xilem pada batang utama, sehingga mengganggu alur distribusi air dan hara dari akar menuju daun. Ciri khas serangan hama ini ditandai dengan ditemukannya serbuk kayu halus menyerupai tahi gergaji di sekitar pangkal batang atau lubang-lubang kecil berdiameter 3 hingga 5 milimeter pada kulit batang jeruk.
Pemulihan tanaman jeruk yang mengalami gejala layu membutuhkan langkah sanitasi lahan yang ketat serta perbaikan aerasi tanah. Petani disarankan mengurangi pemangkasan berat saat kemarau, menambah aplikasi kompos matang sebanyak 15 hingga 20 kilogram per pohon, serta mengaplikasikan agens hayati Trichoderma pada area perakaran. Untuk penanganan mengggunakan bahan kimiawi, petani wajib berdiskusi dengan petugas Penyuluh Pertanian Lapangan (PPL) setempat guna mendapatkan rekomendasi yang aman dan tepat sasaran.
