Pemeriksaan visual pada pangkal batang dan zona perakaran menjadi kunci utama untuk membedakan jenis patogen yang menyerang tanaman buah naga anda. Jamur tanah seperti Fusarium oxysporum dan Phytophthora nicotianae adalah dua penyebab utama yang paling sering dijumpai di lahan pertanian tropis nusantara. Infeksi jamur ini menyebar dengan cepat melalui aliran air irisan hujan atau alat pertanian yang tidak steril, mengubah jaringan akar yang tadinya putih bersih menjadi cokelat kehitaman yang berbau busuk. Apabila dibiarkan tanpa penanganan, pembusukan akan merambat naik ke batang utama, menyebabkan seluruh habitus tanaman mengeripik, menguning, dan akhirnya roboh dalam kurun waktu dua minggu.
Langkah penyelamatan darurat harus segera dilakukan begitu gejala layu atau bercak kuning muncul pada 30 persen bagian tanaman buah naga. Tanaman yang terserang harus dibongkar secara hati-hati, lalu bagian akar dan batang yang membusuk dipotong menggunakan alat tajam steril hingga menyisakan jaringan sehat yang berwarna hijau segar. Setelah pemangkasan, oleskan bubur nabati atau agen pengendali hayati pada luka potongan untuk mencegah infeksi sekunder sebelum melakukan penanaman ulang. Media tanam lama di sekitar lubang tanam wajib dibongkar, dijemur di bawah terik matahari selama 5 hingga 7 hari untuk menekan populasi spora jamur, lalu dicampur ulang dengan kompos matang dan bahan pembenah tanah berpori.
Pencegahan jangka panjang jauh lebih efektif daripada mengobati tanaman buah naga yang sudah terlanjur parah terserang busuk akar di musim hujan. Buatlah sistem drainase parit keliling di sekitar bedengan dengan kedalaman minimal 30 sentimeter agar air hujan tidak menggenang di sekitar perakaran lebih dari 2 jam setelah hujan reda. Aplikasikan kapur pertanian secara rutin dua kali setahun untuk menjaga tingkat keasaman tanah pada kisaran pH 6 hingga 7 yang tidak disukai oleh jamur patogen. Lakukan pemupukan berimbang dengan porsi kalium yang cukup untuk mempertebal dinding sel tanaman, serta hindari pemberian pupuk kandang mentah yang belum terfermentasi sempurna karena justru menjadi sarang empuk bagi jamur pembusuk.