Faktor iklim dan cuaca juga sangat memengaruhi keberhasilan pembuahan markisa di lapangan. Selama musim kemarau, kekurangan pasokan air irigasi dapat menyebabkan stres kekeringan yang memicu kerontokan bunga secara masif sebelum sempat diserbuki. Sebaliknya, jika penyiraman tidak stabil antara basah dan kering yang ekstrem, tanaman akan mengalami gugur bunga dan gagal membentuk bakal buah.
Masalah penyerbukan merupakan hambatan teknis yang sering diabaikan oleh pekebun rumahan maupun petani skala luas. Bunga markisa memiliki struktur unik di mana kepala sari sering kali berada di atas kepala putik, sehingga membutuhkan bantuan serangga seperti lebah penyerbuk atau bantuan manusia untuk melakukan penyerbukan buatan secara manual pada pagi hari pukul sembilan hingga sebelas siang.
Untuk merangsang pembuahan secara optimal, lakukan pemangkasan rutin pada cabang-cabang air atau wiwilan yang tidak produktif setiap dua bulan sekali untuk membuka tajuk agar sinar matahari dapat menembus seluruh bagian tanaman. Berikan pemupukan berimbang menggunakan pupuk organik kaya fosfor serta lakukan penyiraman teratur sebanyak tiga kali dalam seminggu untuk menjaga kelembapan tanah di sekitar perakaran.