Penyebab paling umum tanaman markisa hanya rimbun oleh daun tanpa memunculkan bunga adalah pemberian unsur Nitrogen yang berlebihan. Pada musim kemarau, pemberian pupuk Nitrogen tinggi secara terus-menerus memicu pembentukan kanopi daun yang terlalu tebal namun menekan pembentukan hormon pembungaan. Selain itu, kekurangan pasokan air saat pembentukan kuncup menyebabkan calon bunga gugur prematur. Tanaman markisa dewasa membutuhkan setidaknya 10 hingga 15 liter air per pohon yang diberikan setiap 2 hari sekali selama periode kering.
Faktor krusial kedua adalah masalah penyerbukan pada bunga markisa. Bunga markisa memiliki struktur yang unik dan hanya mekar selama beberapa jam saja dalam sehari, biasanya dari pukul 06.00 hingga 12.00 WIB. Di beberapa wilayah, penurunan populasi serangga penyerbuk alami seperti lebah kayu (Xylocopa) atau lebah kelulut membuat bunga mekar gagal terbuahi dan gugur dalam waktu 24 hingga 48 jam. Penyerbukan buatan secara manual menggunakan jemari atau kuas kecil sangat efektif mengatasi kendala ini.
Untuk merangsang pembuahan yang melimpah, langkah pemangkasan cabang secara berkala setiap 3 sampai 4 bulan sekali sangat dianjurkan. Pemangkasan berfungsi membuka sirkulasi udara serta memastikan 80 persen tajuk tanaman terpapar sinar matahari. Dikombinasikan dengan pemupukan susulan berkadar Posfor dan Kalium tinggi sebanyak 200 hingga 300 gram per pohon setiap 1 bulan sekali, tanaman markisa dipastikan akan memunculkan kuncup bunga baru dalam waktu 3 hingga 4 minggu setelah perlakuan.
