Ketika tanaman markisa memasuki fase pertumbuhan sekunder dan mulai merambat pada usia 4 hingga 6 bulan, kebutuhan nutrisinya bergeser ke arah pembentukan cabang produktif dan sulur. Pada periode musim hujan di Indonesia, aplikasikan pupuk tunggal atau majemuk yang mengandung unsur fosfor lebih tinggi untuk merangsang percabangan yang sehat dan kokoh. Lakukan pemupukan melingkar di garis luar tajuk tanaman sejauh 30 sentimeter dari pangkal batang, kemudian kambus ringan dengan tanah agar pupuk tidak menguap tersengat matahari.
Memasuki fase generatif saat tanaman berusia di atas 6 bulan, markisa mulai menunjukkan tanda pembungaan dan pembuahan yang intensif di sepanjang tahun. Pada fase ini, tingkatkan pemberian unsur kalium secara berkala setiap 3 minggu sekali untuk mencegah rontoknya bunga serta mempercepat pembesaran buah markisa. Pastikan penyiraman dilakukan secara teratur sehari sekali jika penanaman berada di wilayah dengan curah hujan rendah atau saat musim kemarau agar penyerapan unsur hara fosfor dan kalium oleh akar berjalan optimal.
Evaluasi kesehatan tanaman secara berkala dengan mengamati warna daun dan tingkat kelebatan tajuk sebelum memutuskan penambahan dosis pupuk lanjutan. Apabila daun terlihat menguning atau pertumbuhan tunas baru melambat, segera lakukan pemupukan susulan dengan kompos matang dan ikuti petunjuk penggunaan pada kemasan resmi jika menggunakan pupuk anorganik. Selalu konsultasikan dengan petugas penyuluh pertanian setempat di BPP terdekat untuk mendapatkan rekomendasi pemupukan yang paling akurat sesuai kondisi tanah di wilayah Anda.