Ketidakseimbangan pemupukan juga menjadi kendala utama kegagalan pembuahan tanaman duku di perkebunan maupun pekarangan. Pemberian pupuk tinggi Nitrogen secara berlebihan, misalnya melebihi 2 kg Urea per pohon dewasa dalam setahun, membuat tajuk sangat lebat namun mandul. Pohon duku dewasa membutuhkan kecukupan unsur Fosfor dan Kalium sekitar 1 sampai 2 kg per pohon yang diaplikasikan 2 kali semalam, yaitu pada akhir musim hujan dan setelah masa panen selesai.
Tajuk pohon duku yang terlalu rapat menghalangi sinar matahari masuk ke bagian dalam dahan utama, tempat di mana dompolan bunga duku seharusnya tumbuh. Pemangkasan pemeliharaan perlu dilakukan rutin setiap 6 bulan sekali untuk membuang 15 hingga 20 persen cabang air dan ranting yang saling bersilangan. Langkah ini memastikan penetrasi cahaya matahari dapat mencapai 70 hingga 80 persen ke seluruh bagian dalam tajuk.
Asal-usul bibit menentukan usia mulai berbuah tanaman duku secara signifikan. Tanaman duku yang berasal dari biji (generatif) memerlukan waktu hingga 10 sampai 15 tahun untuk belajar berbuah pertama kali. Sebaliknya, duku hasil perbanyakan vegetatif seperti sambung pucuk atau cangkok umumnya mulai belajar berbuah pada umur 4 hingga 6 tahun jika dipelihara dengan manajemen penyiraman dan pemupukan yang tepat di dataran rendah tropis.