Diagnosis diferensial sangat penting dilakukan untuk membedakan apakah busuk akar disebabkan oleh serangan jamur tular tanah seperti Phytophthora sp. atau Fusarium sp., ataupun murni akibat asfiksia akar karena terendam air terus-menerus tanpa infeksi patogen. Jamur Phytophthora biasanya aktif pada tanah yang jenuh air dengan suhu lembap, meninggalkan bercak coklat kehitaman pada pangkal batang dan membusukkan akar tunggang. Sementara itu, busuk akar karena genangan murni ditandai dengan akar yang melunak, berbau busuk asam, namun tanpa adanya miselium jamur yang jelas. Memahami perbedaan ini akan menentukan tindakan penyelamatan yang tepat sasaran di kebun atau pekarangan Anda.
Langkah penanganan darurat harus segera diambil begitu gejala awal terlihat untuk mencegah kematian total pada tanaman markisa kesayangan Anda. Buatlah parit drainase keliling di sekitar tajuk tanaman untuk membuang kelebihan air hujan dan mencegah genangan bertahan lebih dari dua jam setelah hujan reda. Kurangi pemupukan nitrogen tinggi yang dapat memicu pertumbuhan vegetatif berlebih di tengah kondisi akar yang sedang sakit, lalu aplikasikan bahan pembenah tanah organik matang untuk memulihkan populasi mikroba baik. Jika tanaman masih dalam pot, segera bongkar media tanamnya, pangkas akar yang busuk menggunakan alat steril, dan tanam kembali pada media baru yang memiliki tingkat porositas tinggi.
Pencegahan jangka panjang merupakan kunci keberhasilan budidaya markisa di daerah tropis basah agar terhindar dari siklus busuk akar di musim hujan berikutnya. Pastikan penanaman markisa di lahan dilakukan pada bedengan tinggi atau gundukan setidaknya 30 sentimeter dari permukaan tanah sekitar untuk menjamin drainase gravitasi yang optimal. Lakukan pengapuran tanah secara berkala guna menaikkan pH tanah yang terlalu asam akibat curah hujan tinggi, karena jamur patogen akar lebih menyukai lingkungan tanah masam. Gunakan mulsa organik untuk meredam cipratan air hujan yang dapat membawa spora jamur dari permukaan tanah ke bagian pangkal batang markisa.