Diagnosis dini dapat dilakukan dengan menggali tanah di sekitar perakaran dangkal setinggi 10 hingga 15 cm dari permukaan. Jika akar utama terasa lembek, berwarna cokelat gelap hingga hitam, serta mudah terkelupas saat dipijat, maka tanaman positif mengalami busuk akar. Membedakan penyebab utama sangat penting karena penanganan akibat infeksi jamur patogen berbeda dengan masalah teknis drainase tanah yang buruk.
Langkah pemulihan awal dimulai dengan pembuatan parit drainase berkedalaman 30 hingga 40 cm di antara barisan tanaman untuk mengalirkan kelebihan air hujan. Tambahkan bahan hayati berbasis mikroba pengurai seperti Trichoderma sp. Sebanyak 20 hingga 50 gram per lubang tanam yang dicampur dengan 2 kg kompos matang setiap 2 minggu sekali untuk menekan populasi jamur jahat di dalam tanah secara alami.
Apabila infeksi sudah mencapai lebih dari 50 persen bagian pangkal batang, tindakan terbaik adalah membongkar tanaman tersebut dan memusnahkannya jauh dari area kebun. Untuk penanaman kembali pada musim berikutnya, gunakan pola penyambungan (okulasi) dengan batang bawah markisa kuning (Passiflora edulis f. flavicarpa) yang terbukti lebih tahan terhadap serangan jamur busuk akar dibandingkan markisa ungu.
