Kerusakan akibat hama tidak hanya menurunkan estetika tanaman tetapi juga memangkas hasil panen secara signifikan hingga 50 persen jika dibiarkan tanpa penanganan. Hama seperti kutu kebul dan ulat pemakan daun sering kali bersembunyi di balik daun atau pucuk muda yang baru tumbuh. Oleh karena itu, pembersihan gulma secara berkala di sekitar pangkal batang sangat penting untuk memutus siklus hidup hama tersebut.
Pengendalian hama pada markisa harus mengutamakan prinsip PHT atau Pengendalian Hama Terpadu yang memadukan teknik mekanis, hayati, dan pemanfaatan musuh alami. Pemasangan perangkap kuning lekat di antara rambatan markisa terbukti efektif untuk mengurangi populasi serangga dewasa seperti lalat buah dan kutu-kutuan. Pemangkasan bagian tanaman yang terserang berat juga membantu menghentikan penyebaran hama ke bagian yang masih sehat.
Apabila populasi hama telah melewati ambang batas ekonomi dan tindakan manual tidak lagi memadai, penggunaan bahan pengendali kimia dapat menjadi pilihan terakhir. Pastikan selalu membaca petunjuk pada label kemasan sebelum diaplikasikan dan konsultasikan dengan petugas penyuluh pertanian lapangan di BPP setempat untuk mendapatkan rekomendasi bahan aktif yang tepat serta ramah lingkungan.