Penyakit busuk pangkal batang menjadi salah satu ancaman paling mematikan bagi markisa, biasanya dipicu oleh genangan air di sekitar perakaran selama musim hujan. Tanaman yang terserang akan menunjukkan gejala layu mendadak meskipun tanah di sekitarnya tampak basah, karena jaringan pengangkut di pangkal batang telah membusuk dan rusak parah. Untuk mencegahnya, pembuatan paritdrainase yang baik dan menghindari penanaman terlalu dalam adalah kunci utama menjaga kesehatan leher akar markisa.
Selain masalah pada batang, serangan bercak daun dan busuk buah sering kali menurunkan kualitas hasil panen markisa secara drastis dalam waktu singkat. Bercak cokelat kehitaman yang melingkar pada daun atau buah muda umumnya disebabkan oleh infeksi jamur yang menyebar melalui percikan air hujan. Pemangkasan rutin pada cabang yang terlalu rimbun sangat dianjurkan untuk meningkatkan sirkulasi udara dan mengurangi kelembapan mikro di sekitar tajuk tanaman.
Pengendalian penyakit pada markisa harus mengutamakan prinsip pengelolaan hama terpadu yang memadukan sanitasi kebun, pengaturan jarak tanam, dan pemupukan berimbang. Apabila serangan patogen sudah meluas dan sulit dikendalikan secara kultur teknis, penggunaan bahan pengendali kimia dapat menjadi pilihan terakhir sesuai petunjuk pada label kemasan. Selalu konsultasikan dengan petugas penyuluh pertanian setempat di BPP terdekat untuk mendapatkan rekomendasi bahan pengendali yang terdaftar dan aman bagi lingkungan.