Infeksi jamur seperti Layu Fusarium dan Antraknosa meningkat drastis ketika curah hujan mencapai lebih dari 200 mm per bulan. Serangan ini dapat menurunkan produksi buah hingga 60 persen dalam satu siklus tanam jika sanitasi kebun tidak dilakukan secara konsisten minimal 2 kali seminggu.
Selain jamur, ancaman virus mosaik yang ditularkan oleh kutu daun (aphid) sering mengintai percabangan markisa yang terlalu rimbun. Pengangkatan cabang air dan pemangkasan pemeliharaan dengan jarak tanam ideal 2 x 3 meter sangat krusial untuk meningkatkan sirkulasi udara dan intensitas cahaya matahari langsung hingga 80 persen.
Pengendalian penyakit markisa secara terpadu memerlukan drainase parit berkedalaman 30 sampai 40 cm agar air tidak menggenang di piringan tanaman. Aplikasi agens hayati Trichoderma sp. sebanyak 20 hingga 50 gram per lubang tanam setiap 1 bulan sekali terbukti efektif menekan perkembangan patogen tular tanah sebelum penggunaan fungisida dilakukan.
