Selain kekurangan air, penyebab utama mangga layu adalah infeksi patogen tanah seperti jamur Fusarium atau Rhizoctonia, serta serangan larva penggerek batang. Penggerek batang merusak jaringan pembuluh kayu atau xilem, sehingga distribusi air dari akar menuju tajuk pohon terputus secara mendadak walaupun tanah di sekitarnya cukup lembap.
Untuk membedakan penyebabnya, perhatikan pola kelayuan pada tajuk tanaman secara seksama. Jika seluruh daun layu serentak dari bawah hingga ujung, kemungkinan besar tanah mengalami kekeringan parah atau akar membusuk. Namun, apabila hanya satu atau dua cabang saja yang layu sedangkan cabang lainnya segar, besar kemungkinan terdapat lubang penggerek pada batang cabang tersebut.
Pemulihan pohon mangga yang layu membutuhkan tindakan cepat dengan menyiramkan 20 hingga 40 liter air per pohon setiap 3 hari sekali selama puncak musim kemarau. Lakukan juga pemangkasan sanitasi pada ranting yang mati serta perbaikan keaerasi tanah di sekitar piringan agar oksigen dapat masuk kembali ke zona perakaran.
