Gejala awal busuk akar sering kali mengecoh karena terlihat pada bagian tajuk atas. Daun-daun mangga mendadak layu dan menguning secara serentak meskipun kondisi tanah sangat basah, diikuti dengan kerontokan daun hingga lebih dari 50 persen. Ranting-ranting muda meranggas dan mengering dari ujung ke pangkal karena saluran pembuluh tidak lagi mampu menyerap hara dari akar yang rusak.
Untuk mengatasi masalah ini, tindakan awal yang krusial adalah memperbaiki sistem aliran air di sekitar perakaran. Buatlah parit drainase melingkar sedalam 50 hingga 70 cm di luar garis tajuk pohon untuk mengalirkan air yang tertampung. Selain itu, piringan pohon harus dibersihkan dari gulma dan ditimbun sedikit lebih tinggi (dibuatkan guludan) agar air hujan langsung mengalir menjauhi pangkal batang utama.
Tindakan penyelamatan tanaman dilanjutkan dengan membongkar sebagian tanah di sekitar pangkal batang untuk memeriksa tingkat kerusakan akar. Potong bagian akar yang sudah membusuk dan menghitam menggunakan gunting stek steril. Aplikasikan bahan pembenah tanah serta agen antagonis hayati sebanyak 200 hingga 300 gram per pohon yang dicampur kompos matang untuk menekan perkembangan jamur patogen di dalam tanah.
