Kondisi kebun yang terlalu lembap dengan kelembapan udara di atas 80 persen serta tajuk yang terlalu rimbun menjadi habitat ideal bagi perkembangan hama penggerek dan kutu-kutuan. Pemangkasan pemeliharaan cabang setidaknya 2 kali dalam setahun, yaitu pada awal dan akhir musim hujan, membantu memotong siklus hidup hama karena meningkatkan intensitas cahaya matahari yang masuk ke dalam tajuk.
Lalat buah menjadi salah satu musuh utama petani mangga saat buah memasuki umur 60 hingga 90 hari setelah bunga mekar. Serangan hama ini dapat diminimalkan hingga 90 persen jika pembungkusan buah dilakukan secara konsisten sejak buah berukuran diameter 2 hingga 3 sentimeter atau seukuran telur ayam kampung.
Pengendalian hama terpadu memprioritaskan sanitasi lahan dengan membersihkan gulma pada radius 2 meter dari pangkal batang utama. Pemasangan perangkap kuning berperekat sebanyak 10 hingga 15 titik per hektar serta pemusnahan buah terserang secara teratur merupakan tindakan preventif yang sangat efektif di iklim tropis.
