Ketika tanaman memasuki fase generatif atau menjelang musim berbunga pada umur 4 tahun ke atas, jenis pupuk harus diubah menjadi tinggi fosfor dan kalium. Unsur hara ini berfungsi untuk merangsang pembentukan kuncup bunga, mencegah rontoknya bunga dan buah, serta meningkatkan kualitas rasa daging buah. Aplikasikan pupuk perangsang buah sebanyak satu hingga dua kali dalam setahun, yakni saat awal musim kemarau menjelang masa pembungaan dan saat setelah panen untuk memulihkan kondisi fisik pohon.
Teknik aplikasi pemupukan yang benar sangat menentukan efektivitas penyerapan oleh akar durian. Buatlah parit melingkar di bawah tajuk pohon atau zona perakaran terluar dengan kedalaman 15 hingga 20 centimeter, lalu Taburkan pupuk secara merata di dalam parit tersebut dan tutup kembali dengan tanah tipis. Hindari menaburkan pupuk tepat di batang utama karena dapat menyebabkan pembusukan pangkal batang dan merusak jaringan akar muda yang sensitif.
Penggunaan pupuk organik seperti pupuk kandang matang atau kompos sangat dianjurkan minimal dua kali setahun menjelang pergantian musim untuk memperbaiki struktur tanah dan menjaga kelembapan. Pemberian bahan organik ini sebanyak 20 hingga 40 kilogram per pohon per tahun juga membantu mengaktifkan mikroorganisme baik di dalam tanah. Kombinasikan selalu dengan pemangkasan cabang air dan gulma di sekitar piringan pohon agar nutrisi tidak direbut oleh tanaman lain.