Penyakit paling ditakuti pada musim hujan adalah busuk akar dan pangkal batang yang disebabkan oleh jamur tanah Phytophthora palmivora, serta kanker batang yang mengeluarkan cairan merah kecokelatan. Ketika intensitas hujan tinggi, genangan air di sekitar perakaran durian mempercepat pembusukan jaringan akar dalam waktu kurang dari dua minggu. Petani harus segera membuat parit drainase keliling tajuk sedalam 30 sentimeter untuk memastikan air hujan tidak menggenang di sekitar pangkal batang.
Selain masalah perakaran, kelembapan daun yang tinggi juga memicu penyakit jamur upas yang menyerang cabang dan ranting, ditandai dengan munculnya kerak putih menyerupai jamur tiram melingkari dahan. Jika dibiarkan saat musim hujan berkepanjangan, dahan yang terserang akan mengering dan patah dalam waktu satu bulan. Penanganan mekanis dengan mengerok bagian kulit yang terinfeksi dan mengoleskan bubur bordeaux atau bahan pelindung luka alami sangat dianjurkan untuk menghentikan laju infeksi.
Langkah preventif terbaik selama musim hujan meliputi pemangkasan cabang bagian bawah yang berjarak kurang dari satu meter dari permukaan tanah untuk mengurangi kelembapan mikro. Aplikasi pupuk organik kaya mikroba penyubur tanah setiap tiga bulan sekali juga membantu meningkatkan ketahanan alami tanaman terhadap serangan patogen tular tanah. Selalu utamakan kebersihan kebun dengan membersihkan gulma dan membuang buah busuk agar sumber penularan penyakit tidak berkembang biak.