Diagnosis diferensial sangat penting untuk membedakan busuk akar akibat penyiraman berlebih (overwatering) dengan infeksi jamur patogen seperti Pythium sp. atau Phytophthora sp. Jika busuk akar disebabkan oleh penyiraman berlebih, akar terlihat lunak, kecokelatan, tetapi tidak berbau menyengat. Sebaliknya, infeksi jamur patogen ditandai dengan akar berlendir hitam, mudah terkelupas saat disentuh, dan mengeluarkan bau busuk yang sangat tajam serta disertai kerontokan daun bagian bawah hingga 50 persen dalam hitungan hari.
Penanganan harus segera dilakukan sebelum tingkat kerusakan akar melebihi 70 persen. Langkah pertama adalah membongkar tanaman dari pot, memotong seluruh bagian akar yang membusuk menggunakan gunting steril, lalu merendam sisa akar sehat dalam larutan fungisida sistemik atau agen hayati selama 15 sampai 30 menit. Media tanam lama wajib dibuang dan diganti total dengan campuran porous, misalnya sekam bakar, pasir malang, dan kompos steril dengan perbandingan 2:1:1.
Selama masa pemulihan 2 hingga 4 minggu pertama di tempat teduh, kurangi frekuensi penyiraman menjadi 3 hari sekali atau hanya saat permukaan media tanam sedalam 2 cm terasa kering. Hindari pemberian pupuk kimia berunsur nitrogen tinggi selama tanaman belum mengeluarkan tunas baru, agar akar yang baru tumbuh tidak mengalami stres osmotik atau terbakar.
