Penyiraman alami dari curah hujan tinggi yang terjadi 4 sampai 6 kali seminggu sering membuat media tanam berbasis tanah liat menjadi sangat padat. Kondisi anaerob ini memicu perkembangan jamur patogen tanah seperti Phytophthora dan Rhizoctonia, yang merusak jaringan penyerap air dan nutrisi tanaman melati dalam waktu 7 hingga 14 hari.
Untuk mendiagnosis gejala awal, perhatikan daun melati yang menguning mendadak, mengulai meskipun tanah basah, dan gugur hingga 50 percent dari tajuk tanaman. Ketika dibongkar, akar yang sehat berwarna putih kekuningan dan kenyal, sedangkan akar yang mengalami pembusukan akan berwarna cokelat kehitaman, berbau masam, dan mudah hancur saat dipijit.
Tindakan penyelamatan harus segera dilakukan dengan membongkar tanaman, memotong akar yang terinfeksi hingga tersisa jaringan sehat, serta mengganti media tanam dengan campuran tanah, kompos matang, dan sekam bakar berbanding 1:1:1. Penyesuaian sistem drainase pot atau pembuatan guludan setinggi 20 hingga 30 cm sangat vital untuk mencegah terulangnya pembusukan.
