Untuk memastikan penyebab pasti busuk akar, kita harus membongkar media tanam secara hati-hati dan mengamati kondisi akar secara langsung. Akar yang sehat berwarna putih atau krem, bercabang banyak, dan bertekstur kencang. Sebaliknya, akar yang terserang busuk akar akan berwarna kecokelatan hingga hitam, berbau tidak sedap, terasa lembek saat dipegang, dan bagian kulitnya mudah terkelupas dari silinder pusat akar.
Penanganan busuk akar memerlukan tindakan kuratif yang cepat, dimulai dari pemangkasan bagian akar yang membusuk menggunakan alat tajam dan bersih. Setelah akar yang sakit dibersihkan, berikan perlakuan pada sisa akar yang sehat dengan mencelupkannya ke dalam larutan fungisida nabati atau fungisida kimia sesuai anjuran pada label kemasan, lalu angin-anginkan selama beberapa jam sebelum ditanam ulang. Media tanam lama harus dibuang total dan diganti dengan media baru yang memiliki drainase sangat baik.
Pencegahan jangka panjang merupakan kunci keberhasilan budidaya melati di daerah tropis yang basah. Pastikan lubang drainase pot atau bedengan tanah tidak tersumbat dan tambahkan bahan organik gembur seperti sekam bakar serta kompos matang untuk meningkatkan porositas tanah. Lakukan penyiraman hanya saat permukaan media tanam benar-benar kering dan berikan jarak tanam yang ideal agar sirkulasi udara di sekitar perakaran tetap lancar.