Penyakit bercak daun yang disebabkan oleh jamur Cercospora sp. menjadi ancaman utama saat curah hujan tinggi. Gejala diawali dengan munculnya titik cokelat berukuran 2 hingga 5 milimeter yang dikelilingi lingkaran kuning, yang dalam kurun waktu 7 sampai 10 hari dapat menyebabkan kerontokan daun hingga 50 persen jika dibiarkan tanpa sanitasi kebun secara rutin dua kali seminggu.
Selain masalah pada daun, sistem drainase pot atau lahan yang buruk memicu serangan busuk akar Phytophthora. Penyakit ini membuat tanaman layu mendadak meskipun tanah terlihat basah, dengan kondisi akar yang berubah warna menjadi hitam basah dan berbau membusuk. Pengaturan jarak tanam ideal 1 hingga 1,5 meter sangat krusial untuk menjaga sirkulasi udara di sekitar perakaran dan tajuk.
Pengendalian penyakit melati dapat dimaksimalkan dengan aplikasi agens hayati seperti jamur Trichoderma sebanyak 10 hingga 20 gram per lubang tanam saat pemupukan organik secara berkala setiap 3 bulan. Jika serangan jamur telah melebihi kriteria ambang ekonomi, penggunaan fungisida sintetik harus dilakukan secara bijak sesuai petunjuk teknis pada kemasan.
