Penyebab utama busuk akar adalah jamur Pythium atau Phytophthora yang menyerang akar saat drainase buruk. Ciri khasnya: akar berwarna cokelat kehitaman, berlendir, dan berbau busuk. Bakteri Erwinia juga bisa menyebabkan gejala serupa namun dengan bau lebih tajam dan jaringan basah.
Untuk memastikan penyebab, gali tanaman dan periksa akar. Akar sehat berwarna putih krem. Jika akar hitam dan lembek, segera potong bagian yang busuk dengan pisau steril. Jemur umbi di tempat teduh selama 2–3 jam, lalu tanam di media baru dengan campuran sekam bakar dan pasir (2:1) agar drainase lebih baik.
Cegah dengan menyiram hanya saat media kering (cek kedalaman 2 cm). Gunakan pot berlubang banyak. Di musim hujan, naikkan pot agar tidak tergenang. Jangan gunakan pupuk nitrogen tinggi saat musim hujan karena memicu pertumbuhan jamur.