Jenis hama yang sering menyerang bonsai antara lain kutu putih, kutu sisik, tungau laba-laba, ulat, dan kutu daun. Masing-masing hama memiliki ciri khas. Kutu putih tampak seperti serbuk lilin putih di ketiak daun, kutu sisik berupa tonjolan cokelat kecil di batang, tungau laba-laba menyebabkan daun berbintik kuning dan sarang halus, ulat meninggalkan lubang tidak beraturan, dan kutu daun mengerombol di pucuk muda.
Pengendalian pertama adalah secara mekanis: semprot air bertekanan untuk kutu daun dan tungau, atau usap kapas alkohol 70% pada kutu putih dan kutu sisik. Untuk ulat, petik langsung. Jika infestasi berat, gunakan insektisida nabati seperti ekstrak daun mimba atau serai wangi. Hindari penyemprotan saat terik matahari tengah hari untuk mencegah daun terbakar.
Pencegahan adalah kunci: jaga sirkulasi udara dengan tidak menempatkan bonsai terlalu rapat, siram secukupnya agar media tidak becek, dan beri pupuk seimbang secara rutin. Periksa daun dan batang setiap minggu, terutama di musim hujan. Segera isolasi bonsai yang terinfeksi untuk mencegah penularan ke tanaman lain.