Penyakit yang umum menyerang bonsai antara lain: jamur akar (Rhizoctonia/Pythium) yang menyebabkan daun menguning dan akar hitam; embun tepung (Oidium) dengan tepung putih di daun; bercak daun (Cercospora/Alternaria) berupa bercak coklat tidak beraturan; dan layu bakteri (Ralstonia) yang membuat layu mendadak meski tanah lembap. Setiap penyebab memiliki ciri khas yang perlu dibedakan.
Untuk jamur akar, kurangi penyiraman hingga media agak kering, potong akar busuk, dan ganti media drainase baik. Embun tepung diatasi dengan meningkatkan sirkulasi udara, memangkas daun terserang, dan menyemprot larutan fungisida berbahan aktif sulfur atau biofungisida sesuai label. Bercak daun memerlukan pemangkasan daun sakit dan penyemprotan fungisida berbahan aktif mankozeb atau klorotalonil. Layu bakteri tidak bisa disembuhkan; isolasi bonsai, musnahkan tanaman, dan sterilkan pot.
Pencegahan lebih baik: letakkan bonsai di tempat teduh namun dengan sirkulasi udara lancar, siram pagi hari agar daun cepat kering, gunakan media porous (pasir malang + sekam bakar), dan berikan pupuk seimbang (NPK 16-16-16) sebulan sekali setengah dosis. Semprot fungisida berbahan tembaga setiap 2 minggu saat musim hujan sebagai pencegahan. Segera konsultasi dengan BPP jika gejala tidak membaik setelah 2 minggu perawatan.