Gejala awal busuk akar pada wortel biasanya ditandai dengan layunya daun bagian bawah secara mendadak meskipun tanah terlihat basah. Ketika umbi dicabut, kita dapat melihat bercak cokelat kehitaman, tekstur umbi yang lunak, berair, dan sering kali mengeluarkan bau busuk yang menyengat akibat infeksi sekunder bakteri. Kerusakan ini dapat menyebar dengan sangat cepat dalam kurun waktu tiga hingga lima hari apabila intensitas hujan terus menerus tinggi tanpa adanya perbaikan aerasi tanah.
Sebagai langkah penanganan preventif dan kuratif, pekebun harus segera membuat saluran drainase atau parit keliling di sekitar bedengan dengan kedalaman minimal 30 sentimeter untuk mencegah genangan. Selain itu, lakukan pembumbunan ulang secara hati-hati di pangkal batang agar leher akar tidak langsung terpapar genangan air hujan yang asam. Pemupukan nitrogen berlebih harus dihentikan pada musim hujan karena dapat membuat jaringan sel tanaman menjadi lunak dan semakin rentan terhadap infeksi patogen.
Pemilihan lokasi tanam yang tepat dengan tingkat kemiringan bedengan sekitar 15 hingga 20 derajat sangat menentukan keberhasilan panen wortel di musim hujan. Pastikan pengolahan tanah awal mencakup penambahan bahan organik matang dan pasir steril untuk memperbaiki porositas tanah gembur. Jika serangan busuk akar sudah mencapai lebih dari 30 persen populasi tanaman dalam satu bedengan, tindakan sanitasi total dengan mencabut dan membakar tanaman terinfeksi adalah cara terbaik untuk memutus siklus penularan.