Gejala awal busuk akar sering kali mengecoh karena daun cabai terlihat layu layaknya kekurangan air, padahal media tanam dalam kondisi sangat basah. Jika Anda mencabut tanaman yang terdampak, kulit akar luar akan mengelupas dengan mudah saat dipegang, meninggalkan untaian kayu berwarna cokelat kehitaman yang berbau busuk. Apabila dibiarkan tanpa tindakan, seluruh barisan tanaman cabai dalam satu bedengan dapat tertular dalam kurun waktu 3 hingga 7 hari.
Pencegahan dan penanganan masalah ini bertumpu pada perbaikan struktur tanah serta sistem saluran air. Tinggi bedengan ideal pada musim hujan adalah minimal 40 hingga 50 centimeter agar perakaran cabai berada di atas tinggi genangan air. Selain itu, pengapuran tanah menggunakan dolomite sebanyak 100 hingga 200 gram per meter persegi sangat dianjurkan untuk menetralkan pH tanah yang cenderung drop akibat guyuran air hujan bersifal asam.
Langkah penanganan biologis dapat dilakukan dengan mengaplikasikan agens hayati seperti Trichoderma sp. atau Bacillus subtilis ke area perakaran setiap 7 sampai 14 hari sekali. Jika pembusukan sudah mencapai pangkal batang utama dan tanaman layu permanen, penanganan terbaik adalah mencabut tanaman tersebut dan memusnahkannya di luar area lahan agar spora jamur tidak menyebar melalui aliran air irigasi.
