Pada musim kemarau, serangan kutudaun dan tungau meningkat drastis akibat kelembapan udara yang rendah. Petani disarankan melakukan pemantauan rutin sebanyak 2 kali seminggu pada lembaran daun muda wortel untuk mendeteksi koloni serangga sejak dini sebelum populasinya meledak pada umur 30 hingga 45 hari setelah tanam.
Sebaliknya, saat musim hujan tiba, kondisi tanah yang basah meningkatkan aktivitas ulat tanah yang memotong pangkal batang bibit wortel berumur 7 sampai 21 hari pada malam hari. Pemasangan perangkap kuning berkatul atau penggunaan jaring pelindung setinggi 1 meter di sekeliling bedengan dapat menekan persebaran hama dewasa penghasil telur secara signifikan.
Pengendalian hayati seperti pemberian jamur antagonis atau mikroorganisme hayati saat pembuatan bedengan dengan dosis 50 gram per meter persegi terbukti ampuh menekan populasi nematoda bintil akar. Rotasi tanaman dengan famili non-umbiliferae setiap 2 musim tanam berturut-turut menjadi kunci utama memutus siklus hidup hama wortel secara berkelanjutan.
