Untuk mengatasi dan mencegah busuk akar buncis, langkah awal yang krusial adalah memperbaiki sistem drainase lahan. Buatlah parit keliling dan bedengan dengan ketinggian minimal 30 sentimeter agar air hujan tidak menggenangi zona perakaran tanaman. Hindari menanam buncis pada tanah liat berat yang padat air tanpa penambahan bahan organik yang cukup untuk memperbaiki struktur pori tanah.
Pengelolaan kesehatan tanah juga harus dilakukan secara berkala dengan memberikan pupuk organik matang yang dicampur agen hayati penangkal jamur akar. Lakukan pergiliran tanaman dengan jenis yang bukan dari famili kacang-kacangan selama minimal dua musim untuk memutus siklus hidup patogen di dalam tanah. Jarak tanam juga perlu diperlebar menjadi sekitar 20 kali 40 sentimeter guna mengurangi kelembapan mikro di sekitar pangkal batang.
Jika gejala busuk akar sudah kadung meluas di lahan, cabut dan musnahkan segera tanaman yang terserang parah dengan cara dibakar atau dikubur dalam untuk mencegah penularan. Taburkan kapur pertanian atau dolomit pada lubang tanam guna menaikkan pH tanah yang cenderung asam akibat curah hujan tinggi. Selalu jaga kebersihan kebun dengan membersihkan gulma dan sisa tanaman sisa panen sebelumnya secara rutin.