Gejala awal busuk akar sering kali samar karena menyerupai kekurangan air. Pada siang hari yang terik, daun tanaman cabai rawit terlihat layu dan terkulai, namun tampak segar kembali pada malam atau pagi hari. Jika tanaman dicabut, akar yang sehat berwarna putih bersih akan terlihat berubah menjadi cokelat tua hingga hitam, berstruktur lembek seperti bubur, serta mengeluarkan aroma pembusukan yang menyengat.
Pengendalian penyakit ini berpusat pada penataan drainase lahan bertanam. Tinggi guludan atau bedengan perlu ditingkatkan menjadi 40 hingga 50 cm agar air hujan langsung mengalir ke parit pembuangan dalam waktu kurang dari 30 menit setelah hujan lebat. Selain itu, pemberian bahan organik yang telah terdekomposisi matang dan diperkaya agens hayati Trichoderma sebanyak 100 hingga 200 gram per lubang tanam sangat efektif menekan populasi jamur jahat.
Sanitasi kebun harus dilakukan secara rutin dengan menjaga jarak tanam ideal 60 cm x 70 cm untuk melancarkan sirkulasi udara di sekitar tajuk. Jika ditemukan tanaman yang tingkat kerusakan akarnya sudah melebihi 50 persen, segera cabut dan musnahkan tanaman tersebut bersama tanah di sekitarnya. Taburkan kapur pertanian sebanyak 50 gram pada bekas lubang tanam guna menetralkan pH tanah kembali ke angka ideal 6,0 hingga 6,5.
