Untuk mendiagnosis penyebab secara akurat, lakukan pemeriksaan fisik pada bagian perakaran. Jika akar berwarna cokelat kehitaman, berlendir, berbau busuk, dan kulit akarnya mudah terkelupas saat ditarik, serangan umumnya disebabkan oleh jamur Pythium spp. atau Rhizoctonia solani. Sebaliknya, jika akar membusuk tanpa lendir berlebih namun struktur tanah sangat padat dan tergenang air lebih dari 4 jam setelah hujan deras, masalah utamanya adalah asfiksia akar atau kekeringan oksigen akibat drainase buruk.
Pencegahan secara teknis budidaya dapat dilakukan sejak persiapan lahan dengan membuat bedengan setinggi 30 hingga 40 cm dan lebar 100 cm, disertai parit drainase sedalam 50 cm di sekeliling bedengan. Pengolahan tanah perlu ditambahkan kapur pertanian sebanyak 1 hingga 2 ton per hektar apabila pH tanah di bawah 6,0. Selain itu, pemberian pupuk kandang matang terfermentasi sebanyak 10 hingga 15 ton per hektar serta aplikasi agens hayati Trichoderma spp. saat pengolahan tanah 10 hari sebelum tanam sangat efektif menekan patogen.
Apabila gejala awal busuk akar mulai terlihat pada umur tanaman 10 hingga 15 hari setelah tanam, segera cabut dan musnahkan tanaman yang terinfeksi agar tidak menular. Atur jarak tanam secara teratur yaitu 10 x 15 cm untuk menjaga sirkulasi udara di sekitar tajuk tanaman. Setelah masa panen pada umur 25 hingga 30 hari, lakukan rotasi tanaman dengan kelompok non-bayam seperti jagung manis atau kacang tanah selama minimal satu musim tanam penuh.
