Gejala awal busuk akar dapat diamati dari perubahan warna daun bagian bawah yang mulai menguning, layu pada siang hari meskipun tanah tampak basah, serta pertumbuhan tanaman yang terhambat secara drastis. Jika dicabut, sistem perakaran daun bawang akan terlihat berwarna kecokelatan hingga kehitaman, lunak, berbau tidak sedap, dan bagian kulit akar mudah terkelupas dari stele atau sumbu utamanya.
Untuk mengatasi masalah ini secara efektif, petani harus menerapkan pendekatan diagnosis diferensial guna mengenali apakah pembusukan dipicu oleh faktor fisik lingkungan seperti genangan atau serangan patogen spesifik seperti cendawan tanah dan bakteri. Penanganan yang tepat memerlukan perbaikan drainase secara menyeluruh, pengaturan jarak tanam, serta aplikasi praktik budidaya yang mengutamakan kesehatan tanah dan aerasi optimal.
Pencegahan jangka panjang pada musim penghujan juga melibatkan penggunaan benih sehat, pembenah tanah untuk memperbaiki struktur media tanam, serta penerapan giliran tanaman dengan komoditas dari familia berbeda untuk memutus siklus hidup patogen. Dengan langkah-langkah terpadu ini, kerugian hasil panen daun bawang dapat ditekan seminimal mungkin dan produktivitas lahan tetap terjaga.