Penyebab utama busuk akar pada timun melibatkan dua faktor dominan yaitu cendawan tular tanah dan kondisi fisiologis akibat genangan. Cendawan ini aktif menyerang jaringan korteks akar yang basah, mengubah warna akar menjadi cokelat gelap, berlendir, dan memutus suplai air serta nutrisi ke bagian tajuk tanaman.
Untuk mencegah dan mengatasi masalah ini secara preventif, pekebun di Indonesia wajib membuat bedengan tinggi sekitar 30 sampai 40 sentimeter dengan parit drainase yang lancar. Penggunaan mulsa plastik hitam perak juga sangat efektif mengurangi percikan air hujan yang membawa spora jamur dari tanah ke pangkal batang timun.
Apabila gejala awal seperti layu di siang hari mulai terlihat, segera lakukan tindakan kuratif dengan memperbaiki sistem pembuangan air dan mengurangi frekuensi penyiraman. Pastikan selalu membaca label pada kemasan pestisida hayati atau fungisida jika hendak menggunakannya, serta konsultasikan dengan petugas BPP setempat untuk dosis dan jenis yang tepat.