Tanaman timun yang terserang busuk akar akan menunjukkan gejala daun menguning tiba-tiba, layu di siang hari meski tanah basah, serta pertumbuhan yang kerdil. Saat ditarik, akar tanaman terlihat berwarna cokelat kehitaman, lunak, berbau busuk, dan kehilangan serabut akar mudanya.
Pengelolaan drainase adalah kunci utama penanganan di lahan. Buat gulutan setinggi 30 hingga 40 cm dengan lebar 100 cm, serta parit antar gulutan seluas 40 cm agar air hujan langsung mengalir lancar dan tidak mengendap di sekitar perakaran timun.
Selain perbaikan fisik tanah, aplikasi bahan organik terdekomposisi sempurna sebanyak 10 hingga 15 ton per hektar sebelum tanam dan pemberian agens hayati secara berkala setiap 7 sampai 10 hari sekali dapat menekan populasi jamur jahat di dalam tanah secara efektif.
