Penyebab pertama yang paling sering ditemui adalah kekurangan pasokan air secara drastis akibat penguapan tinggi di siang hari. Pada kondisi ini, daun dan tangkai seledri lemas serentak, namun media tanam terlihat sangat kering dan padat. Penyiraman rutin sebanyak dua kali sehari pada pagi dan sore hari biasanya dapat memulihkan kesegaran tanaman dalam beberapa jam jika belum terjadi kerusakan jaringan akar yang parah.
Faktor kedua yang harus diwaspadai adalah serangan layu Fusarium atau bakteri tular tanah yang aktif pada suhu hangat dan kelembapan ekstrem. Ciri khasnya adalah kelayuan yang terjadi secara bertahap atau hanya pada satu sisi tanaman saja, sering kali disertai perubahan warna pada pangkal batang menjadi kecokelatan atau kehitaman. Patogen ini menyumbat jaringan pembuluh angkut air, sehingga tanaman tidak mampu mendistribusikan cairan meski tanah di sekitarnya basah.
Untuk mengatasi masalah ini secara komprehensif, pekebun harus menerapkan pergiliran tanaman, menjaga kebersihan alat berkebun, dan memperbaiki drainase media tanam. Penggunaan bahan pembenah tanah organik secara berkala juga membantu menekan populasi patogen merugikan di dalam tanah. Apabila serangan sudah parah dan melibatkan organisme pengganggu tanaman, konsultasikan dengan petugas penyuluh lapangan setempat untuk mendapatkan rekomendasi penanganan kimiawi yang tepat sesuai label.