Penyebab utama pertama adalah jamur Pythium atau Rhizoctonia solani. Pythium menyerang akar muda, membuatnya basah dan mudah putus. Rhizoctonia menyebabkan bercak cokelat kering pada akar dan pangkal batang. Kedua jamur ini berkembang pesat di tanah becek dengan suhu 20-30°C. Ciri pembeda: Pythium menimbulkan bau asam, Rhizoctonia tidak.
Penyebab kedua adalah bakteri Erwinia atau Pseudomonas. Bakteri mengakibatkan pembusukan basah berbau busuk, terutama pada luka. Serangan bakteri lebih cepat saat suhu tinggi dan kelembaban >90%. Ciri: lendir kental pada irisan akar. Penyebab ketiga adalah nematoda (Meloidogyne spp.) yang menyebabkan puru akar (bengkak kecil), lalu akar busuk sekunder akibat infeksi jamur/bakteri.
Pencegahan utama: tanam di bedengan tinggi (20-30 cm) agar air tidak menggenang, beri jarak tanam 20x20 cm, dan mulsa jerami untuk mengurangi percikan air hujan. Siram secukupnya, jangan sampai becek. Rotasi tanaman dengan kacang-kacangan atau jagung minimal 2 musim. Jika serangan sudah terjadi, cabut tanaman sakit dan bakar, lalu beri kapur dolomit 2 ton/ha (untuk lahan luas) atau 1 genggam per lubang tanam (skala rumahan) untuk menekan jamur.