Untuk mencegah kerugian meluas, langkah fisik pertama yang wajib dilakukan adalah menata ulang area tanam. Tinggikan bedengan hingga mencapai 30 sampai 40 cm dari permukaan tanah datar dan buat parit drainase di sekeliling lahan dengan kedalaman minimal 50 cm. Selain itu, kerapatan tanaman harus dijaga dengan menerapkan jarak tanam minimal 20 x 20 cm. Pola tanam yang longgar ini memastikan sirkulasi udara di sekitar tajuk seledri tetap lancar sehingga permukaan tanah tidak terus-menerus basah setelah diguyur hujan.
Pengolahan tanah juga memegang peranan kunci dalam menekan perkembangan patogen. Campurkan arang sekam dan kompos matang dengan perbandingan 1:2 ke dalam media tanam untuk meningkatkan porositas tanah liat agar air hujan cepat meresap. Penambahan hayati seperti agen antagonis Trichoderma sp. sebanyak 10 sampai 20 gram per lubang tanam saat pengolahan lahan sangat dianjurkan untuk mendominasi area perakaran dan menekan populasi jamur parasit sebelum bibit seledri ditanam.
Sanitasi lahan secara berkala harus diterapkan sepanjang musim hujan. Jika ditemukan tanaman yang mulai menunjukkan gejala layu atau pangkal batangnya melunak, segera cabut dan musnahkan tanaman tersebut jauh dari area perkebunan. Hindari melakukan penyiraman berlebihan pada pagi atau sore hari jika pada hari itu hujan sudah turun. Setelah panen selesai, lakukan rotasi tanam dengan tanaman non-Apiaceae seperti jagung atau kacang tanah selama 2 hingga 3 musim untuk memutus siklus hidup patogen busuk akar.
