Penyakit utama yang sering muncul pada musim penghujan meliputi bercak daun Cercospora, busuk hitam akibat bakteri, dan penyakit tular tanah seperti fusarium. Setiap penyakit memiliki karakteristik serangan yang unik, mulai dari bentuk bercak melingkar berwarna cokelat muda hingga pembusukan pangkal batang berlendir yang mengeluarkan bau tidak sedap. Kelembapan tanah yang terlalu tinggi akibat drainase buruk menjadi pemicu utama berkembang biaknya mikroorganisme perusak tersebut. Oleh karena itu, pengaturan jarak tanam minimal 20 kali 20 sentimeter dan pembuatan parit drainase sedalam 30 sentimeter sangat krusial untuk menekan kelembapan mikro di sekitar tanaman.
Langkah penanganan yang tepat harus didasarkan pada hasil diagnosis visual yang teliti pada bagian tanaman yang menunjukkan gejala sakit. Jika tanaman terserang jamur, tindakan sanitasi dengan memangkas daun terinfeksi dan membakarnya adalah langkah pertama yang wajib dilakukan setiap tiga hari sekali. Sementara itu, untuk masalah busuk bakteri, pengaturan pemupukan nitrogen harus dikurangi karena kadar nitrogen yang terlalu tinggi justru melunakkan dinding sel jaringan tanaman. Gunakan pupuk organik matang dan berikan tambahan unsur kalsium untuk memperkokoh jaringan batang seledri dari serangan patogen.
Pencegahan jangka panjang jauh lebih baik daripada mengobati tanaman yang sudah telanjur parah terserang penyakit di musim hujan. Petani disarankan untuk menerapkan rotasi tanaman dengan komoditas dari famili berbeda seperti jagung atau kacang-kacangan selama minimal satu musim tanam untuk memutus siklus hidup patogen di dalam tanah. Pemanfaatan agens hayati seperti jamur antagonis Trichoderma sp. yang dicampur pada pupuk dasar saat pengolahan tanah terbukti efektif menekan populasi jamur patogen tular tanah. Selalu pantau kondisi kesehatan kebun setiap pagi hari agar tindakan pengendalian dapat diambil sebelum kerugian ekonomi terjadi.