Untuk mengobati tanaman secara tepat, petani perlu melakukan diagnosis diferensial guna membedakan penyebab utama masalah tersebut. Penyakit bercak daun Cercospora ditandai dengan lingkaran bercak abu-abu bertepi kuning pada daun tua, sedangkan bercak Septoria memicu bintik cokelat kemerahan berukuran 1 hingga 3 milimeter yang memiliki titik-titik hitam kecil di tengahnya. Di sisi lain, serangan bakteri Erwinia tidak membentuk bintik kering, melainkan menyebabkan pangkal batang melunak, berair, dan mengeluarkan aroma busuk yang sangat menyengat.
Pengendalian teknis harus segera dilakukan begitu gejala awal muncul pada 1 atau 2 rumpun tanaman di lahan. Buatlah bedengan setinggi 30 hingga 40 sentimeter dengan jarak tanam ideal 20 x 20 sentimeter agar sirkulasi udara di sekitar tajuk seledri tetap terjaga lancar. Lakukan pemangkasan daun bawah yang bersentuhan langsung dengan tanah setiap 7 hari sekali, serta bersihkan gulma di sekitar gundukan tanah untuk mengurangi kelembapan mikro tempat patogen berkembang biak.
Pemulihan tanaman dan pencegahan penularan dapat diperkuat dengan aplikasi agens hayati seperti jamur Trichoderma spp. pada media tanam sebanyak 10 hingga 15 gram per liter air sebelum penanaman atau saat muncul gejala awal layu. Apabila serangan penyakit meluas hingga melebihi 10 persen dari populasi lahan, penyemprotan bahan pengendali dapat dipertimbangkan. Selalu konsultasikan jenis bahan aktif yang tepat dengan penyuluh pertanian lapangan setempat dan ikuti instruksi dosis yang tertera pada kemasan produk.
