Selain faktor lingkungan, penyakit tular tanah seperti layu Fusarium atau penyakit moler yang disebabkan oleh jamur Fusarium oxysporum sering mengecoh petani. Jamur ini berkembang pesat pada media tanam yang memiliki suhu tinggi dan pH asam di bawah 5,5. Gejala khasnya ditandai dengan daun memuntir, menguning secara bertahap, serta pangkal batang yang membusuk dan berwarna cokelat kehitaman bila dibelah.
Ancaman lain yang tidak kalah berbahaya adalah layu bakteri yang disebabkan oleh Ralstonia solanacearum. Berbeda dengan infeksi jamur yang berlangsung lambat, serangan bakteri dapat membuat rumpun daun bawang yang segar terlihat layu secara mendadak hanya dalam waktu 24 hingga 48 jam. Karakteristik pembeda utama dari layu bakteri ini adalah keluarnya cairan lendir putih berbau busuk dari potongan pangkal batang saat direndam dalam air bersih.
Untuk mengatasi masalah kelayuan pada musim kemarau, penyiraman yang tepat harus dijadwalkan secara teratur yaitu 2 kali sehari pada pukul 06.00 pagi dan 16.30 sore dengan volume sekitar 300 hingga 500 mililiter per rumpun. Penambahan mulsa jerami padi setebal 3 hingga 5 sentimeter di atas permukaan bedengan sangat efektif menurunkan suhu media tanam hingga 4 derajat Celsius sekaligus menjaga kelembapan tanah agar tidak cepat menguap.
