Kekurangan air fisiologis merupakan penyebab paling umum saat kemarau, ditandai dengan layu sementara pada siang hari jam 11.00 hingga 14.00 dan segar kembali pada sore jam 16.00 setelah penyiraman. Namun, jika bayam tetap layu pada pagi hari, kemungkinan besar terjadi masalah patogen tanah seperti jamur Rhizoctonia solani atau bakteri Ralstonia solanacearum. Infeksi patogen ini membusukkan pangkal batang dan menyumbat pembuluh pembawa air di dalam jaringan tanaman.
Pengolahan tanah yang kurang matang dan pemberian pupuk kandang mentah sebanyak 1 hingga 2 kilogram per meter persegi tanpa fermentasi sempurna juga dapat memicu kebusukan akar. Bakteri pembusuk menginvasi luka akar akibat alat pertanian atau gigitan nematoda. Di lahan berpasir, kapasitas ikat air tanah sangat rendah sehingga penyiraman rutin 2 kali sehari (pagi pukul 07.00 dan sore pukul 16.00) sebanyak 5 liter per meter persegi menjadi kebutuhan mutlak selama periode kemarau panjang.
Pengendalian bayam layu diawali dengan penyesuaian pola siram serta aplikasi mulsa organik seperti jerami padi setebal 3 hingga 5 sentimeter untuk menekan penguapan tanah. Jika kelayuan disebabkan oleh serangan patogen tanah, pemusnahan tanaman terinfeksi harus segera dilakukan dan ditindaklanjuti dengan pengapuran tanah menggunakan dolomit sebanyak 100 hingga 200 gram per meter persegi untuk menaikkan pH tanah ke angka netral 6,0 hingga 6,8.
