Penanganan masalah ini harus diawali dengan evaluasi fisik media tanam atau bedengan secara menyeluruh. Bedengan yang terlalu rendah, yaitu di bawah tinggi standar 30 hingga 40 cm, akan membuat air hujan tergenang di sekitar zona perakaran sawi. Selain itu, jarak tanam yang terlalu rapat (kurang dari 20 cm x 20 cm) mengurangi sirkulasi udara di sekitar pangkal batang, sehingga iklim mikro di bawah tajuk tanaman menjadi sangat lembap dan mempercepat penyebaran spora jamur maupun sel bakteri patogen.
Secara teknis, pengolahan tanah sebelum tanam sangat menentukan keberhasilan pencegahan pembusukan akar. Penambahan bahan organik yang matang sebanyak 1 hingga 2 kg per meter persegi dan pemberian kapur pertanian untuk menjaga pH tanah tetap ideal pada kisaran 6,0 hingga 6,8 dapat menekan populasi jamur parasit. Penggunaan agens hayati berbasis Trichoderma atau Bacillus yang diaplikasikan pada tanah 7 hari sebelum bibit ditanam juga efektif membendung serangan patogen akar secara alami tanpa merusak ekosistem tanah.
Jika pembusukan sudah mulai terlihat pada 5% hingga 10% populasi tanaman di lahan, tindakan sanitasi cepat harus segera dilakukan. Cabut dan musnahkan tanaman yang terinfeksi berat jauh dari area pertanaman, lalu perbaiki parit drainase agar air dapat mengalir lancar dalam waktu kurang dari 30 menit setelah hujan lebat berhenti. Untuk pencegahan lanjutan secara kimiawi pada tanaman yang masih sehat, gunakan fungisida atau bakterisida terdaftar sesuai dengan petunjuk pada kemasan dan arahan dari petugas penyuluh pertanian setempat.
