Penyebab utama dari masalah ini adalah infeksi jamur tular tanah yang berkembang sangat pesat pada media tanam yang terlalu padat dan basah. Di samping itu, sistem drainase bedengan yang buruk memperparah genangan air di sekitar perakaran sawi yang berumur 2 hingga 4 minggu setelah tanam.
Untuk mengatasi busuk akar, langkah preventif harus dimulai dari pengolahan lahan sebelum benih disemai. Petani perlu membuat bedengan dengan tinggi minimal 30 sentimeter dan menambahkan bahan organik matang yang dicampur kapur pertanian untuk menaikkan pH tanah dan menekan perkembangan jamur patogen.
Jika tanaman telanjur terserang, tindakan kuratif yang bisa dilakukan adalah mencabut dan memusnahkan tanaman sakit agar tidak menular ke tanaman sehat di sekitarnya. Pengaturan jarak tanam yang lebih renggang, yaitu sekitar 20 x 20 sentimeter, juga sangat membantu mengurangi kelembapan mikro di sekitar tajuk tanaman sawi.