Penyebab pertama dan paling umum adalah kekurangan pasokan air secara drastis akibat penguapan yang tinggi. Tanaman pare membutuhkan penyiraman sebanyak 2 hingga 3 liter per tanaman setiap dua hari sekali pada fase pembungaan dan pembuahan di musim kemarau. Jika media tanam sangat kering dan retak, akar tidak mampu menyerap hara, menyebabkan daun terkulai lemas terutama pada siang hari. Namun, jika tanah sudah basah tetapi pare tetap layu, kita harus mencurigai adanya gangguan biologis pada sistem perakaran yang merusak jaringan xilem.
Faktor biologis utama penyebab pare layu adalah infeksi jamur Fusarium oxysporum yang menyumbat pembuluh kayu tanaman. Jamur ini bertahan lama di dalam tanah masam dan aktif menginfeksi saat suhu tanah meningkat di musim kemarau. Selain jamur, serangan hama nematoda bintil akar (Meloidogyne spp.) juga kerap menjadi dalang tersembunyi. Nematoda melukai akar, membentuk bengkolan, dan memutus aliran air dari tanah ke tajuk daun, membuat pare tampak merana meskipun pupuk makro telah diberikan secara rutin.
Untuk mengatasi masalah ini secara efektif, terapkan manajemen pengairan yang konsisten pada pagi hari sebelum pukul 09.00 atau sore hari setelah pukul 16.00. Lakukan pergiliran tanaman dengan famili non-cucurbitaceae selama minimal dua musim untuk memutus siklus patogen tular tanah. Gunakan mulsa plastik hitam perak untuk menekan penguapan air tanah sekaligus menjaga suhu tanah tetap stabil. Apabila menggunakan bahan pengendali kimiawi, selalu baca label kemasan dengan teliti dan konsultasikan ke petugas BPP setempat.