Penyebab utama busuk akar pada paprika antara lain jamur Phytophthora capsici yang menyerang saat drainase buruk dan genangan air lebih dari 24 jam. Ciri khasnya: batang dekat permukaan tanah menghitam dan berair (narrow neck). Alternatif lain adalah jamur Fusarium oxysporum yang menyebabkan layu pada satu sisi tanaman dan akar membusuk kering. Bisa juga karena serangan nematoda atau bakteri (Ralstonia solanacearum) yang membuat akar membusuk basah dan berlendir.
Untuk mengatasi, perbaiki drainase dengan membuat bedengan tinggi (30-40 cm) dan saluran air keliling. Saat musim hujan, kurangi frekuensi penyiraman menjadi 2-3 hari sekali jika tanah masih lembab. Gunakan mulsa plastik hitam perak untuk menekan kelembaban tanah dan mencegah percikan air. Lakukan rotasi tanaman dengan non-solanaceae (padi, jagung) minimal 2 tahun. Jika ditemukan tanaman sakit, segera cabut dan bakar, lalu taburkan kapur dolomit (100-200 gram per lubang tanam) untuk menaikkan pH tanah.
Pencegahan lebih baik dengan memilih benih tahan penyakit varietas lokal seperti Paprika Ungara atau Hibrida F1. Aplikasi fungisida berbahan aktif fosetil-Al atau mefenoksam hanya jika diperlukan dan sesuai dosis anjuran di label. Konsultasikan dengan penyuluh pertanian setempat untuk rekomendasi spesifik wilayah Anda.